Kosmiczne ziarna są bezpośrednią kontynuacją Uśpionego archiwum tego samego autora. Powieść zachowuje więc ducha pierwszego tomu i prezentuje podobny poziom literacki. Podobna jest gonitwa następujących po sobie wydarzeń i ich zagęszczenie. Ci sami są główni bohaterowie (aczkolwiek pojawiają się też nowe twarze) i taka sama atmosfera emocjonalna pomiędzy nimi. Najbardziej dostrzegalną różnicą, w porównaniu z Uśpionym archiwum, jest wprowadzenie przez Podrzuckiego większej ilości równoległych wątków.
Rzecz dzieje się w dalekiej przyszłości. W wyniku tzw. germinacji większą część powierzchni naszej planety pokrywają gigantyczne Drzewa. Są to żywe, samoorganizujące się nanostruktury, czerpiące z wnętrza planety materiał do budowy swoich tkanek. Według posiadanych przez bohaterów informacji, powstanie Drzew było efektem diabolicznego planu Helen Bjorg. Ta dwukrotna noblistka, współpracując z tajemniczą sektą, chciała doprowadzić do zniszczenia gatunku ludzkiego. Narzędziem eksterminacji miały być właśnie Drzewa. Jednak niektórzy ludzie przetrwali kataklizm, jakim był rozrost Drzew, a różne części drzewnych struktur stały się dla nich domem. Przez wiele ludzkich plemion Drzewa traktowane są jako zbawienny dar, Helena uważana za boginię, zaś jej współpracownicy za apostołów. Po wiekach spokoju Drzewa zaczynają wykazywać nie spotykaną wcześniej niestabilność. Stwarza to coraz większe zagrożenie dla ludzi.
Na Wierzchołku Drzew funkcjonuje zaawansowana technicznie cywilizacja Apex Nos. W ręce Dragana Kutsheby, funkcjonariusza tamtejszej policji, wpada Nils Hansen. A raczej sztuczne ciało mannekena, w którym przypadkowo reaktywowano umysł Hansena. Ten ostatni był współpracownikiem, a także głównym oponentem Helen Bjorg. Według przekazów w jego umyśle kryją się klucze do władzy nad Drzewami. Kto pierwszy je posiądzie, ten zyska dominujący wpływ na ocalenie lub zagładę ludzkości. Kutsheba dociera z Hansenem do siedziby Synodu – centralnego ośrodka religii helenistów.
Bea, Thomas, Gerhard i Noel po serii przygód docierają do Cytadeli, leżącej w sercu niegdysiejszego Sudanu. Cytadela jest siedzibą Ruchu na Rzecz Odnowy, którego Gerhard von Klosky staje się ważnym funkcjonariuszem. Jego przyjaciel Thomas Farquahart z trudem radzi sobie z panowaniem nad archiwum skopiowanym do jego mózgu. Tymczasem Noel Kreuff nie ustaje w poszukiwaniach Helen Bjorg, uważając ją nadal za największe zagrożenie dla ludzkości. Okazuje się bowiem, że jej świadomość również została reaktywowana w sztucznym ciele mannekena. Hannibale Remmuerisch, po bezwzględnej manipulacji na umyśle, stał się niegdyś kapłanem Kościoła Ostatecznego Rozgrzeszenia i został zmuszony do złożenia w ofierze własnego syna. Teraz, w sztucznym ciele mannekena, powraca do New Cheshire, aby poradzić sobie z doświadczeniami przeszłości. Do osady dociera też Sash Livansky, który wcześniej reaktywował umysł Hansena...
Wątki przeplatają się, rozdzielają i łączą. Bohaterowie w nieprzewidziany sposób wpływają na swoje losy. Co wyniknie z tego splotu? Komu uda się zapanować nad Drzewami i co z tego wyniknie? Tego zapewne dowiemy się dopiero z ostatniego tomu trylogii.