Ksiądz Jan ostro krytykuje polski Kościół

Owszem, ksiądz Jan, zgodnie z przysięgą, jest i będzie posłuszny swemu biskupowi i jego następcom, ale jednocześnie twierdzi, że posłuszeństwo i cześć również mają swoje granice: "Są nimi Dekalog, prawo kanoniczne oraz prawo naturalne, które mówi: dobro czyń, a zła unikaj. Cześć nie może być bałwochwalstwem, a posłuszeństwo - zgodą na irracjonalne polecenia. Jeśli biskup mówi: sadźcie kwiatki do góry korzonkami, bo taka jest wola Boża, to chyba w tym wypadku nie muszę być posłuszny". I nieco dalej:
"Nie w pełni wiem, jak miałby wyglądać Kościół, którego chciał Chrystus. Myślę jednak, że wolno mi wątpić w to, że chciał w Kościele hierarchicznej i feudalnej struktury, która jest pokłosiem średniowiecza. [...] Pewnie są wspólnoty, które dobrze funkcjonują, ale ja sam znam wiele wstrząsających przykładów nadużyć, elementarnego braku poszanowania godności osoby ludzkiej w konkretnej siostrze zakonnej. [...]
A jeśli chodzi o własne podwórko, to - mówiąc marketingowo - produkt, jaki serwuje typowa parafia, jest na żenującym poziomie, począwszy od plastikowego wystroju kościoła po poziom kazań czy w ogóle oferty duszpasterskiej. Znaczna część moich kolegów, gdyby ich oceniać jedynie pod względem profesjonalizmu wykonywanej pracy, straciłaby robotę. W Kościele pracuje się jak za komuny, to znaczy często się... nie pracuje".