Konferencja Litwinienki
O dziwo, zamiast jak zwykle siedzieć cicho i zdawać raporty, Putin zreorganizował agencję, zwolnił 1/3 urzędników Łubianki i stworzył nowe wydziały na miejsce tych, które uznał za archaiczne. Nie musiał długo czekać na pierwszy skandal. 17 listopada 1998 roku sześciu mężczyzn - jak się okazało, weteranów FSB - zorganizowało konferencję prasową. Czterech z nich miało maski. Mówili o korupcji i spisku, o tym, że oddział FSB walczący z przestępczością zorganizowaną przekształcił się w mafię. Twierdzili, że ich zwierzchnicy planowali porwanie brata wpływowego biznesmena.
Jakoś dałoby się to pewnie wyciszyć, ale mężczyźni ci powiedzieli jeszcze, że oficerowie służb podległych Putinowi planowali zabić samego Borysa Bieriezowskiego. Jeden spośród tej szóstki zwrócił się bezpośrednio do Putina, by wreszcie zrobił porządek w agencji. Nazywał się Aleksander Litwinienko. Władymir Putin doskonale go sobie zapamiętał. Pomimo tego, że organizatorzy konferencji podkreślali, iż korupcja zaczęła się na długo przed objęciem przez niego stanowiska szefa FSB, postanowili go w bardzo niezręcznej sytuacji. A publicznego upokorzenia Putin bardzo nie lubił.