Rośliny sadzone na bagnie

Zdradzony przez Kijichiro ojciec Sebastiao (Japończyk otrzymał za informację o miejscu ukrywania się jezuity trzysta sztuk srebra) trafia do Nagasaki, gdzie zmuszony jest obserwować mękę tamtejszych chrześcijan. Warunkiem uwolnienia Japończyków ma być rzekomo wyrzeczenie się przez duchownego wiary chrześcijańskiej. Sebastiao pozostaje niezłomny, choć dopada go coraz więcej wątpliwości związanych z tytułowym boskim milczeniem. Podświadomie zadaje sobie pytanie: czy jego bohaterstwo nie jest aby egoizmem? Kluczowe dla opowieści jest spotkanie Sebastiao z Ferreirą. Okazuje się, że mężczyzna rzeczywiście odciął się od swoich chrześcijańskich korzeni, związał z japońską kobietą i oddał pracy na rzecz namiestnika. Jego nowe imię to Chuan Sawano. Były jezuita tłumaczy Sebastiao w jednej z kulminacyjnych scen całej powieści, jak daremny jest jego upór: "Ten kraj to bagno. Kiedyś to zrozumiesz. Ten kraj okazał się straszniejszym bagnem, niż się spodziewałem. Każdej młodej roślince zasadzonej na tym bagnie zaczynają
gnić korzenie, żółkną i więdną liście. My na tym bagnie posadziliśmy roślinę zwaną chrześcijaństwem".