Upór rujnuje karierę i pomaga wytrwać
Rozczarowany archeolog rzucił się w wir dalszych poszukiwań. Od 1902 r. nadzorował wykopaliska w Dolinie Królów prowadzone przez Theodore'a Davisa. Zaowocowało to rok później odkryciem obrabowanego grobowca Totmesa IV. Potem Carter pracował nad oczyszczaniem grobowca Totmesa I i jego córki Hatszepsut. W efekcie incydentu związanego z obrabowaniem grobowca Amenhotepa II, w 1904 r. archeolog został przeniesiony na stanowisko inspektora ds. terenów północnych (tj. Dolnego Egiptu).
Na początku 1905 r. miało miejsce wydarzenie, które zrujnowało jego karierę urzędniczą. Rozkazał strażnikom usunięcie siłą awanturujących się, pijanych francuskich turystów. Doprowadziło to interwencji francuskiego konsula i żądania przeprosin, które poparły brytyjskie koła dyplomatyczne.Uparty Carter odmówił i ostatecznie zrezygnował z pracy na rzecz Służby Starożytności. Zamieszkał w Luksorze i przez kolejne lata klepał biedę, starając się utrzymywać ze sprzedaży turystom swoich obrazów i oprowadzania wycieczek po Dolinie Królów. Nie porzucił jednak swoich ambicji i wypatrywał okazji, aby wrócić do archeologii i dokonać wielkich odkryć.