Pierwsze decyzje Busha
Pierwszą decyzją Busha jako naczelnego dowódcy sił zbrojnych było wysłanie nad Waszyngton i Nowy Jork bojowych patroli myśliwców przeznaczonych do przechwytywania samolotów nieodpowiadających na sygnały:
„Powiedziałem Dickowi, że nasi piloci mają podejmować próby kontaktu z podejrzanymi samolotami i w miarę możliwości sprowadzać je bezpiecznie na ziemię. Gdyby się nie udało, wydałem zgodę na ich zestrzelenie. Uprowadzone samoloty były w tym wypadku wojenną bronią”.
Drugą decyzją był wybór miejsca lądowania Air Force One. Bush zdecydował się na powrót do Waszyngtonu, do Białego Domu: „Wierzyłem, że widok prezydenta w zaatakowanej stolicy pokrzepi Amerykanów”.Agenci Secret Service odradzali powrót do Waszyngtonu, gdyż ryzyko kolejnych zamachów było bardzo duże, ale Bush powiedział, że nie da się zastraszyć terrorystom. „To ja jestem prezydentem”, powiedział twardo, „i mówię, że lecimy do Waszyngtonu”.
Agenci jednak nie ustąpili i w końcu Bush przyznał im rację: „Zabicie prezydenta byłoby dla wroga ogromnym propagandowym zwycięstwem”.