Seks i inne kontrowersje
Clarke uchodził, za autorytet w nauce, literaturze, a nawet moralności o czym może świadczyć nominacja do Pokojowej Nagrody Nobla. Jego życie było jednak obfite w sytuacje dwuznaczne etycznie. Pierwsze gromy na głowę Anglika posypały się w roku 1953 kiedy to, mając niespełna 40 lat, wziął ślub z dużo młodszą Amerykanką. Związek trwał kilka miesięcy, a międzyczasie pojawiły się głosy, że miał on stanowić jedynie zasłonę dymną dla rzeczywistych, homoseksualnych, preferencji autora.
Na Sri Lance poznał Leslie Ekanayake, z którą ślubu nigdy nie wziął jednak w wywiadach podkreślał jej ogromne oddanie oraz niezwykłą przyjaźń jaka ich łączyła.
W wywiadzie dla magazynu Playboy z lipca 1986 roku Clarke przyznał się do doświadczeń biseksualnych. Jego przyjaciel, także literat, Kerry O'Quinn, wyjawił w jednej z rozmów, że twórca "Piasków Marsa" jest homoseksualistą, ale nie afiszuje się z tym, ponieważ traktuje swoja orientacje jako sprawę w pełni prywatną.
W 1998 roku brytyjski tabloid ''Sunday Mirror'' oskarżył autora ''Odysei'' o skłonności pedofilskie i uprawianie seksturystyki. Clarke miał rzekomo wyznać fascynację nastoletnimi chłopcami podczas jednego z wywiadów, który został nagrany przez redakcję. Zarzuty gazety nigdy nie zostały potwierdzone - ''Sunday Mirror'' nie przedstawiła nagrania wspomnianej rozmowy, mimo iż publicznie oferowała ją Interpolowi.