Kolejne ucieczki
Margot była jednak nadal królową Nawarry i francuską królewną. Zwróciła się o pozwolenie na spędzenie Wielkanocy w Agen, katolickim mieście, które zresztą stanowiło część jej posagu. Henryk, szczęśliwy, że choć na kilka tygodni może się jej pozbyć, z radością wyraził zgodę. Margot schroniła się za potężnymi murami miasta i postanowiła poczekać na rozwój wydarzeń. Niebawem przystąpiła do potężnej Ligi Katolickiej i zaczęła szykować się do przejęcia kontroli nad okolicą. Jej działanie rozwścieczyło dwóch Henryków, brata i męża, że o Katarzynie nie wspomnę. Niestety, brak funduszy doprowadził do klęski militarnych działań Margot. Nieopłaceni żołnierze zaczęli terroryzować ludność Agen, a królowa nakładała coraz większe podatki. W końcu mieszczanie ją zdradzili, otwierając wrota przed wojskami Henryka III. Katarzyna triumfowała, a Małgorzata znów musiała uciekać, tym razem do twierdzy w Carlat, której była właścicielką.
Twierdza idealnie nadawała się do obrony, lecz zupełnie nie nadawała się do zamieszkania. Kiedy Margot zachorowała w wyziębionym od przeciągów zamku, Katarzyna i Henryk III publicznie wyrazili nadzieję, że umrze. Byli wielce rozczarowani na wieść o powrocie do zdrowia. Niestety tym razem Margot zupełnie nie miała się do kogo zwrócić o pomoc. Na domiar złego, wojska Henryka III najechały na region, w którym znajdowało się Carlat. Margot uszła z zamku i tułała się po bezdrożach, bojąc się szukać schronienia w miastach pełnych wojsk Henryka. W końcu zmuszona była zatrzymać się w zamku w Ibois, gdzie trafiła do niewoli.