Wilson Cole nie miał wybujałych ambicji. Ot, chciał uczciwie przeżyć swoje życie, przykładnie służąc ojczyźnie i nawet czynnie uczestnicząc w prowadzonej przez nią wojnie. Niestety, armia okazała się być strukturą, która nie tolerowała swobody myślenia, okazywania wątpliwości i niestandardowych działań. Dlatego Cole wciąż miał na pieńku z dowództwem i pomimo znaczących sukcesów wojennych zsyłany był na coraz głębsze zaplecze. Niesłusznie oskarżony o zdradę, uciekł z ojczystej Republiki i nadal starał się żyć jak najspokojniej, nie mieszając się do polityki. Na terenach Wewnętrznej Granicy został piratem, który... prowadził walkę z piratami, najemnikiem, który przyjmował tylko starannie wybrane zlecenia, w końcu zaś nieformalnym przywódcą, uznawanym przez najważniejszych lokalnych watażków.
Niestety, nie dane mu było cieszyć się zasłużonym spokojem. Nie mógł bowiem przejść do porządku dziennego nad tym, co Republika czyniła swoim obywatelom, a tym bardziej nad tym, co czyniła jego podwładnym. Kapitan Cole, żeby zacytować współczesnego klasyka, „nie chciał, ale musiał” zacząć działać. Stanął na czele buntowników, by prowadzić wojnę partyzancką z Republiką. Umiejętnie pozyskując sojuszników, stosując działania pozorne, prowokacje i sabotaż, doprowadził do skłócenia ze sobą przywódców galaktycznego państwa i wewnętrznego osłabienia jego struktur władzy. Aż w końcu bohater opracował desperacki plan przedostania się do stolicy Republiki na doskonale strzeżonej planecie Deluros VIII. I wszystko zdawało się zmierzać do zaplanowanego przez niego końca, dopóki... zmierzać nie przestało.
W każdym tomie cyklu Starship Resnick analizuje i poddaje osądowi czytelników jakiś problem natury moralnej, dotyczący relacji międzyludzkich, stosunków społecznych, polityki czy prowadzenia wojny. W Okręcie flagowym problemem takim jest kwestia stosowania tortur w celu uzyskania informacji, dzięki którym można uratować życie niewinnych (powieść powstawała w czasie gorącej debaty na ten temat w Stanach Zjednoczonych). Autor każe swoim bohaterom dociekać, gdzie leży granica pomiędzy okrutnymi torturami a ostrym przesłuchaniem z zastosowaniem brutalnych metod śledczych, które jednak nie skutkują powstaniem trwałych uszkodzeń ciała. Pisarz stara się również określić, w jakich okolicznościach takie przesłuchiwanie może być dopuszczalne. Mając świadomość, że zdecydowana większość cywilizowanych ludzi będzie takim metodom przeciwna, dowodzi, że zapewne zmienią oni zdanie, jeśli sprawa będzie dotyczyć ratowania życia kogoś z ich bliskich.
Tego rodzaju rozważania zostały umiejętnie wkomponowane w rwącą do przodu akcję, pełną niespodziewanych wolt i zwrotów. Choć trudno w to uwierzyć, akcja owa w stosunku do poprzednich tomów jeszcze bardziej przyspiesza. Sprzyja temu narracja oparta na dialogach, skupienie się na działaniach bohaterów i sprowadzenie do minimum elementów opisowych. W tym kontekście powieść Resnicka możemy uznać za niemal gotowy scenariusz filmowy. Dramatyczne, a częstokroć tragiczne okoliczności, z którymi mają do czynienia bohaterowie, równoważone są przez sporą dozę humoru zawartego w dialogach. Wszystko to stwarza mieszankę iście wybuchową – czasem zupełnie dosłownie, jeśli weźmiemy pod uwagę obfitość walk pomiędzy statkami kosmicznymi, bombardowań planet etc. Innymi słowy, lektura Okrętu flagowego działa niczym tunel czasoprzestrzenny – przenosi nas do miejsc odległych o tysiące lat świetlnych i powoduje, że czas płynie dla nas zupełnie inaczej. Efektem ubocznym takiej czytelniczej podróży jest zaś to, że po
zamknięciu książki zaczynamy wypatrywać na niebie okrętów floty kosmicznej szykujących się do inwazji.