W nocy z 12 na 13 kwietnia 1943 r. radio niemieckie poinformowało o odkryciu grobów tysięcy polskich oficerów pod Katyniem. Moskwa zareagowała 15 kwietnia, obciążając zbrodnią Niemców. Rząd Sikorskiego nie mógł milczeć, choć do milczenia namawiany był przez Anglików. 16 kwietnia rząd zwrócił się do Międzynarodowego Czerwonego Krzyża z prośbą o zweryfikowanie danych dotyczących grobów katyńskich. W kilka dni potem – 24 kwietnia – rząd sowiecki zerwał stosunki dyplomatyczne z rządem polskim. ZSRR swobodnie już teraz mógł przystąpić do budowania „swojego” ośrodka władzy dla powojennej Polski. Zaczął się okres gwałtownego spadku pozycji Polski w obozie alianckim. „Brak stosunków dyplomatycznych z najbardziej pożądanym w obozie alianckim sojusznikiem sprawiał, że rząd polski stawał się sojusznikiem najbardziej kłopotliwym” – pisze Magdalena Hułas. Zerwanie stosunków polsko-sowieckich zniweczyło też plany budowy konfederacji polsko-czechosłowackiej, gdyż zrażeni konfliktem Polski z Rosją Czesi wycofali się ze
współpracy.
Powstaje pytanie, czy współcześni polscy przywódcy zdawali sobie sprawę z tego, że zaczyna się okres dramatycznego izolowania Polski w obozie alianckim i budowania podstaw Polski komunistycznej. Niewiele wskazuje, by tak oceniano sytuację. Na przykład Kwapiński pisał w połowie marca 1943 r.: „trudności polsko-sowieckie są częścią większego zagadnienia sowieckiego komunistycznego imperializmu, dążącego do opanowania całej Europy. Przeciwdziałanie temu jest naszym zdaniem sprawą wszystkich Narodów Zjednoczonych, a szczególnie Anglii i Ameryki. W tym kierunku powinna jak najżywiej działać nasza polityka zagraniczna”. Wierzono w potęgę Zachodu i jego determinację niedopuszczenia komunizmu do Europy Środkowej. Uwagi Ciołkosza w listach z tego okresu bardziej odnoszą się do sowieckiej noty styczniowej niż do zerwania w kwietniu 1943 r. i wydaje się, że była to ocena trafna. Odpowiednie decyzje na Kremlu zapadły na przełomie 1942 i 1943 r., o czym świadczy przystąpienie do tworzenia ZPP i armii Berlinga. Brakowało
jednak pretekstu do zerwania z rządem w Londynie. Pretekstu takiego dostarczyła sprawa Katynia.
Kolejnym wydarzeniem pogłębiającym izolację Polski była tragiczna śmierć generała Sikorskiego. Zajmował on niekwestionowaną pozycję przywódcy walczących Polaków i głównego reprezentanta państwa polskiego. Nie było wśród polskich polityków nikogo, kto cieszyłby się porównywalnym prestiżem u przywódców alianckich. Jego śmierć utrudniła więc także kontakty z rządami alianckimi i pozwalała im mniej liczyć się z Polakami.
Czy Ciołkosz – przeciwnik Sikorskiego – to rozumiał? Biorąc pod uwagę jego aktywność przeciw premierowi w pierwszych miesiącach 1943 roku, wydaje się, że nie. Sądził nawet, że zbytnia uległość generała wobec Anglosasów była powodem porażek polskiej polityki. Powracał do postulatu mianowania członkami Rady Narodowej Ukraińca i Białorusina, by utrudnić Stalinowi powoływanie się na to, iż rzekomo reprezentuje interesy tych narodów. Złościł się, że Sikorski tego nie rozumie, ale istotnie, trudno w tym czasie było znaleźć miarodajnych Ukraińców i Białorusinów gotowych do firmowania rządu polskiego. Ciołkosz uważał, że rząd twardo stawiający kwestie polskiej racji stanu, nieulegający naciskom, będzie mógł uzyskać więcej. Jego zdaniem istniało kilka atutów sprawy polskiej: prawo międzynarodowe i powzięte przez rządy zobowiązania; niezłomna postawa kraju i brak zjawiska zorganizowanej kolaboracji; demokratyczne oblicze podziemia i wyraźnie demokratyczne oblicze rządu, co potwierdza ideową wspólnotę Polski z obozem
alianckim. Wszystkie te atuty podkreślane stale przez aliantów jako mające wysoką wartość traciły jednak znaczenie wobec konfrontacji z Rosją Stalina.
W wiele lat potem Adam Ciołkosz oceniał generała Władysława Sikorskiego i jego politykę następująco:
myślenie wojskowe przeważało u niego ze szkodą dla myślenia politycznego. Tak było w czasie pierwszej wojny światowej, kiedy sądził, że jedynym kluczem do rozwiązania sprawy polskiej jest uformowanie jak największych polskich sił zbrojnych, podczas gdy zagadnienie było przede wszystkim zagadnieniem politycznym. Tak samo było w czasie drugiej wojny światowej; wydawało mu się, że duża armia polska sformowana na Zachodzie i na Wschodzie będzie czynnikiem rozstrzygającym, a w każdym razie wydatnie wpłynie na rozwój wydarzeń politycznych. Tymczasem znowu zagadnienie było przede wszystkim polityczne. Trzeba je było rozwiązywać środkami politycznymi i zakładając cele polityczne. Gen. Sikorski źle rozeznał sytuację o tyle, że przecenił poparcie sojuszników zachodnich w pierwszym okresie wojny, zwłaszcza poparcie angielskie, i nie docenił znaczenia układu stosunków wewnętrzno-politycznych w życiu polskim.
Oceniał, że Sikorski był konserwatystą i na takich ludziach się opierał, brakowało mu odwagi w stawianiu zagadnień społecznych, które dojrzewały do rozwiązania w Polsce i na całym kontynencie. Podtrzymując swoją krytyczną ocenę układu z 1941 r., Ciołkosz mówił:
był tylko jeden moment, w którym Sikorski mógł wyzyskać wyjątkową pozycję moralną i polityczną Polski, okres przed rozpoczęciem sowiecko-niemieckich działań wojennych i bezpośrednio po rozpoczęciu tych działań. Później już niewiele można było zmienić lub poprawić. (...) Otóż należało sprawę Polski stawiać wyraźnie i konkretnie przed uderzeniem Niemiec na Rosję.
Jednocześnie jednak Ciołkosz przyznawał, że gen. Sikorski korzystał z takiego kredytu zaufania Polaków w okresie drugiej wojny światowej, jak może nikt od dawna w naszej historii. Z drugiej strony musiał działać w splocie okoliczności niesłychanie trudnych i przeciwnych.